Tres años después de la Batalla de Metrópolis, Clark Kent protege el mundo como Superman y trabajando como reportero para el periódico “Daily Planet”. Superman se ha convertido en una figura polémica, con algunos culpándolo por la destrucción causada por el general Zod y otros creyendo que él es un héroe. Lois Lane está cubriendo la guerra civil en Khandaq en el Oriente Medio, mientras que Clark se ve obligado a cubrir historias menores. Se hace amigo de Jim Olsen, un fotógrafo que perdió sus piernas en la invasión de Zod; pero él no culpa a Superman, Olsen decidió trabajar para el Daily Planet porque defienden a Superman.

Cubren un partido de fútbol entre Metropolis y Gotham City en donde Clark conoce a Victor Stone, un mariscal de campo para el equipo de Metropolis cuyo padre, el Dr. Silas Stone, es un ingeniero de robótica en los laboratorios STAR quien encabezó un nuevo programa de prótesis de alta tecnología que incluye las piernas de Jim Olsen. Bruce Wayne estaba en Metropolis durante la invasión de Zod y cree Superman es una amenaza, y por lo que busca elaborar medidas de seguridad contra a él.

También está financiando un esfuerzo para reconstruir un área vacante de Gotham con nuevos proyectos de vivienda para familias de bajos ingresos.

Batman ha estado activo durante 15 años, pero sigue siendo un fugitivo de la justicia que muchos creen que es una leyenda urbana. Clark ha estado estudiando los avistamientos de Batman a pesar de su editor, Perry White, el cuál no ve ningún potencial en esa historia.

Lex Luthor financió la reconstrucción Metropolis. Después de la invasión de Zod, LexCorp ha sido contratada por el gobierno de los Estados Unidos para la ingeniería inversa de la tecnología, restos de Krypton que podrian usar ellos.

Luthor cree que Superman es una verdadera amenaza y ejecuta una campaña de desprestigio en su contra a través de los vehículos de los medios que posee, al mismo tiempo que está financiando el desarrollo de armas “Anti-Superman”, incluyendo Kryptonita que se crea a través de la exposición de la energía.

Luthor también ha recogido el cuerpo de Zod y cosechado su ADN, utilizando la tecnología basada en la “Cámara del Génesis” para elaborar un arma biotecnológica que podría luchar contra Superman.

La Senadora Veronica Cale está supervisando los experimentos de Luthor, pero cree que el arma biotecnológica no debe desplegarse debido a la posible reacción violenta dado que muchos todavía consideran a Superman como un héroe, algo que Luthor pretende rectificar.

Luthor también ha estado monitoreando los actos de otras personas con súperpoderes y ha capturado y experimentado con varios de ellos.

Un equipo militar de LexCorp, encabezado por su jefe de seguridad Anatoly Kniazev, captura a Aquaman tras atraerlo a una trampa en una plataforma petrolera de LexCorp y lo capturan, llevándolo a las instalaciones para la experimentación de su cuerpo.

Las actividades de Luthor han atraído la atención de Diana, princesa de Themyscira, quien decide investigarlo.

El campamento en donde se encuentra Lois Lane es atacado por los rebeldes, provocando así la intervención de Superman, que llega para ayudar a Lois, pero los soldados provocan un incidente internacional.

Lois regresa a Metrópolis; mientras, Cale utiliza el incidente para convencer al Congreso estadounidense de que Superman representa un pasivo político potencial.

Superman se informó por el General Swanwick, uno de sus más feroces partidarios dentro del gobierno, que el Congreso le ha ordenado asistir a una cumbre en Washington DC para hablar de su lugar en el mundo.

Las consecuencias de las acciones de Superman en el Medio Oriente son observadas por Bruce, Diana y Luthor.

Bruce se entera de la investigación de Luthor en las armas Anti-Superman y viaja a Metrópolis con Alfred Pennyworth con el pretexto de trabajar con Luthor para discutir una alianza para recuperar la ciudad de Gotham de la pobreza.

Bruce no confía en Luthor con tecnología alienígena del mismo modo que él no confía en Superman.

Luthor promueve una recaudación de fondos para el Museo de Metrópolis, el edificio donde fue asesinado Zod, algo que él se asegura de señalar.

Clark, Lois y Jim están cubriendo el evento, con Bruce, Alfred, Diana, Kniazev y la asistente personal de Luthor.

Bruce baila y coquetea con Diana.

Bruce y Luthor tienen una breve discusión en la que Bruce planta un dispositivo en el teléfono de Luthor, por lo que pueden robar las contraseñas de acceso a LexCorp y de infiltrarse en ella, usando un bloqueador de señal para evadir la seguridad.

Batman roba datos sobre proyectos de Luthor, pero un algoritmo proyectado por Luthor se adapta a la seguridad y suenan las alarmas.

Batman evade a los guardias y sus hombres, pero luego se enfrenta a Superman, quien le cree un criminal.

Batman se niega a rendirse y tras un breve enfrentamiento, se escapa de Superman en el Batmóvil.

Avistamientos de Batman en Metropolis son excúsas suficientes para que Lois y Clark puedan convencer a Perry de dejarlos ir a Gotham para lograr hacer una investigación más extensa.

Luthor, más tarde, revisa imágenes del encuentro de Superman y de Batman adquiridos por los satélites del gobierno y recupera la emisión de la señal de Batman que este dejó atrás, lo que le da una idea.

Superman llega a la cumbre, con la observación de todo el mundo. La Senadora Cale lo acusa de ser peligroso, y Superman se defiende y explica sus ideales.

El Congreso presiona a Superman a jurar lealtad a ellos, incluyendo la revelación de secretos de su identidad, pero Superman se niega, alegando que no se convertirá en una herramienta del gobierno.

Superman oye una señal de Batman y se siente débil. Él pierde el control de sus poderes y el edificio es evacuado ya que este explota, hiriendo a varias personas y matando al General Swanwick.

La senadora Cale acusa a Superman de ser él el culpable. Clark se ve obligado a huír cuando los militares intervienen.

Superman es declarado enemigo público, mientras Luthor informa de que la kryptonita ha sido un éxito.

Clark regresa al edificio dañado y localiza la señal de Batman, y se convence de que Batman lo enmarca y es indirectamente responsable de la muerte del General Swanwick.

Superman regresa a Metrópolis en busca de Batman, pero Bruce logra evadirlo.

Bruce aprende acerca de los archivos de Luthor sobre la Kryptonita y roba muestras de un puesto avanzado de LexCorp ubicado en el Océano Índico.

Mientras tanto, Diana atrae Kniazev y sus hombres a una trampa y se enfrenta a ellos. Kniazev escapa, pero Diana se las arregla para interrogar a uno de sus soldados, utilizando el Lazo de la Verdad para obligarlo a revelar de dónde están tomando a los super-humanos.

Batman atrae a Superman al barrio abandonado, siendo este reconstruido por Wayne Enterprises y comienza el combate con un Traje blindado, y armas creadas con Kryptonita, varios edificios y vehículos que han sido equipados con el arsenal de Batman y con armas anti-Superman.

La lucha es cruel y termina siendo Superman victorioso.

Batman insita a Superman para matarlo, pero se niega.

Batman revela entonces que la lucha fue diseñada para probar a Superman.

Batman y Superman unen sus fuerzas para localizar al verdadero cerebro detrás de la conspiración.

Al mismo tiempo, Diana localiza la instalación de “Cadmo” en las afueras de metrópolis donde se realizaron experimentos con Aquaman, y el continuo desarrollo del arma biotecnológica, “Doomsday”.

La Mujer Maravilla se infiltra en la instalación y rescata a Aquaman, pero él la deja atrás y vuelve al océano.

Los hombres de Luthor, equipados con armamento muy avanzado, obligan a la Mujer Maravilla a huir.

Luthor informa de que la instalación “Cadmo” ha sido comprometida.

Batman lleva a Superman a la Batcueva, donde deducen que Luthor está detrás de todo.

Diana llega y revela que ella sabe su secreto y expone los experimentos de Luthor en “Cadmo”. Superman se enfurece ya que Luthor ha militarizado la tecnología robada de Zod, y todavía se culpa por todo el daño que causó.

Superman, Batman y la Mujer Maravilla unen sus fuerzas para exponer a Luthor.

Superman, Batman y Wonder Woman atacan las instalaciones de “Cadmo” para rescatar a los prisioneros restantes, pero luego son atacados por Doomsday, que ha sido desplegado por Luthor y Cale. Superman lucha contra Doomsday mientras Wonder Woman ayuda a los presos restantes a huir y Batman recupera datos de los servidores de Cadmus. Mientras tanto, Lois se infiltra en LexCorp, mientras Jimmy crea una distracción para encontrar una manera de desactivar a Doomsday.

Doomsday se dirige a Metrópolis, y Cale se entera de que Luthor tiene una programación para que Doomsday haga más daños colaterales y dañar más aún la reputación de Superman.

Superman, Batman y Wonder Woman luchan contra Doomsday en Metrópolis, Aquaman se une a la batalla, quien quiere pagar su deuda con la Mujer Maravilla y obtener venganza contra Luthor.

Juntos, los héroes logran minimizar los daños colaterales y evitar víctimas inocentes, pero Doomsday es capaz de adaptarse a sus habilidades y dominarlos en combate.

Lois se las arregla para localizar sistemas de Doomsday que permititrían a Alfred deshabilitar los servidores.

Víctor Stone se ve atrapado en el fuego cruzado mientras ayuda a inocentes quedando gravemente herido.

Batman, Wonder Woman y Aquaman luchan para proteger a los inocentes. Superman se da cuenta de lo que tiene que hacer y se eleva al espacio con Doomsday. Él vuela hacia el Sol, con Doomsday todavía tratando de matarlo, y desaparecen en una explosión.

Se cree que Superman sacrificó su vida pero este emerge desde el Sol y regresa a la Tierra.

Se celebra la victoria. A los pocos días, Superman habla al Congreso una vez más y habla a favor de sus nuevos aliados, Batman es aceptado por el público.

La Mujer Maravilla sigue ayudando a las personas en los países empobrecidos.

Aquaman sigue luchando por el medio ambiente.

Víctor se transfiere al Programa CYBORG de STAR Labs, y la senadora Cale se enmarca de haber autorizado el despliegue de Doomsday, y aunque Luthor cubre hasta su participación, su papel en la creación de Doomsday, y otras armas basadas en Kryptonita. Lex Luthor está expuesto y su compañía pierde sus contratos militares como resultado.

Superman concluye su declaración al revelar que “Está amaneciendo una nueva era.”

Luthor está bebiendo en su oficina cuando Superman llegam y discuten los últimos acontecimientos separados por una ventana de cristal.

Luthor acusa a Superman de ser el final de los logros humanos, mientras que Superman afirma que Luthor se ve él mismo como alguien superior a otros seres humanos, pero está aterrorizado de que a pesar de su riqueza y poder, todavía esté por debajo de todos los héroes que lucharon en Metrópolis y por debajo de los que luchan todos los días por un ideal más grande. El ideal de justicia.

Luthor se compromete a destruir a Superman. Superman afirma que va a estar esperando.

El guión concluye con Superman, Batman, Wonder Woman y Aquaman reunidos en la Granja Kent para discutir las acciones de Luthor.

Superman señala que Luthor no se detendrá, y que habrá otros como él. Aquaman dice tener asuntos en su “Hogar”, pero está dispuesto a ayudar si es necesario, ya que los héroes se han ganado su respeto. Después de que él se marcha, Superman, Batman y Wonder Woman deciden encontrar otros como ellos de esta nueva raza emergente de los meta-humanos para formar una línea de defensa para la Tierra.

Batman señala informes de una mancha roja en Central City. Superman se pregunta qué sucederá después. Wonder Woman dice “Reclutamiento”.